独立行政法人国立文化財機構が運営する博物館。1897年（明治30年）5月に開館した。2015年時点の館長は佐々木丞平。主に平安時代から江戸時代にかけての京都の文化を中心とした文化財を、収集・保管・展示するとともに、文化財に関する研究、普及活動を行っている。平常展示のほかに特別展が1年に2～4回行われている。1888年（明治21年）、宮内省に臨時全国宝物取調局（局長九鬼隆一）が設置され、日本各地の社寺等の文化財（当時の用語では「宝物」）の調査が行われた。その結果、京都・奈良には特に文化財が集中しており、それらを収蔵保管する施設の整備が急務とされた。こうして当時の日本政府は京都と奈良に国立の博物館を設置することとした。当時、東京には東京国立博物館の前身にあたる博物館がすでに設置されていたが（1872年創立）、1889年（明治22年）5月、宮内大臣通達により、東京の博物館を「帝国博物館」と改め、