バチカン市国内のサン・ピエトロ大聖堂に隣接するローマ教皇の住居である。当初、バチカンには、サン・ピエトロ大聖堂に隣接して修道院、巡礼者の宿泊施設、教皇の休憩用の邸宅程度しかなかった。アヴィニョン捕囚以前の教皇の住居はラテラノ宮殿に置かれていた。カール大帝やオットー2世がバチカン宮殿に滞在していることから、その当時には一定の規模になっていたと考えられる。また、教皇インノケンティウス3世やボニファティウス8世などが増築を行っている。アヴィニョン捕囚の後、バチカン宮殿は教皇の住居になった。1583年にクイリナーレ宮殿が竣工すると、バチカン宮殿は教皇の住居の座をクイリナーレ宮殿に譲るが、それ以降も度々増築され、図書館、システィーナ礼拝堂、博物館施設などが建てられた。博物館を一般に公開するようになるのは18世紀中期以降で、展示内容・施設は徐々に充実されていった。